O Pilates Clínico é uma ferramenta terapêutica que se baseia na prática de exercício físico, sob orientação de um fisioterapeuta. É aplicado como meio de prevenção e reabilitação de lesões através da correção de alterações do recrutamento muscular, que cada vez mais conduzem ao desenvolvimento de ciclos de dor crónica, como é o exemplo da dor crónica lombar e dor crónica cervical.

O Pilates Clínico consiste numa avaliação prévia do indivíduo e posterior adequação dos exercícios às reais necessidades e dificuldades do praticante.

Diferencia-se assim do pilates tradicional pela sua especificidade, permitindo a sua prática a pessoas com determinada condição ou patologia bem como a pessoas saudáveis.